NAÚ je nezávislý orgán zřízený zákonem o vysokých školách, který rozhoduje o akreditaci studijních programů vysokých škol, vzdělávacích programů vyšších odborných škol, institucionální akreditaci vysokých škol a akreditaci oborů, v nichž jsou vysoké školy oprávněné konat habilitační řízení nebo řízení ke jmenování profesorem. Dále vykonává vnější hodnocení vysokých škol a kontroluje dodržování právních předpisů při uskutečňování akreditovaných činností na vysokých školách a vyšších odborných školách. Ve vztahu k vnějšímu zajišťování kvality vysokoškolského vzdělávání a vyššího odborného vzdělávání vykonává rovněž další činnosti předepsané zákonem o vysokých školách a školským zákonem.